Die rund 230 Bauern im Einzugsgebiet des Sempachersees betreiben traditionell eine intensive Landwirtschaft mit hohen Tierbeständen und vorwiegend Grünlandnutzung. Da sie aber rund 80% der Fläche des Einzugsgebietes bewirtschaften, tragen sie eine grosse Verantwortung für den See.

Entspricht jedoch die Düngung dem Bedarf der Pflanzen, den Bodenverhältnissen und der Witterung, so schliessen sich eine ertragsreiche Landwirtschaft und gesunde Gewässer nicht aus.

Die Landwirtschaft trägt mit Massnahmen auf der landwirtschaftlichen Nutzfläche zur Gesundung des Sees bei. Im Jahre 1999 hat der Gemeindeverband das Phosphorprojekt zur Minderung der Phosphoreinträge in den See lanciert.